php.ini создается в Вашей корневой директории - /home/X/X.Y.com1.ru/

.htaccess создается в директории веб-сервера - /home/X/X.Y.com1.ru/WWW

Параметры для php естественно нужно задавать в php.ini

TO VR: У нас кстати PHP работает как CGI. Иначе нормальную безопастность построить не возможно.

TO VR: По поводу симлинков, если заменить все на реалные копии, то как раз и получится версия для WINDOWS.

Хотя тебе было легче качать 8=)

Можно наверно еще попробовать хард-линки поставить, но пробовал...

>Иначе нормальную безопастность построить >не возможно.

Не верю!!! (c) Станиславский

А как-же 90% хостеров работают?
Как же дефолтовая конфигурация CPanel?

Я года 2 назад заинтересовался этим вопросом.
Почитал что существуют нормальные решения как оставить апач работающим как nobody при PHP как модуль Апача, при этом чтобы нельзя было лазить PHP-шным скриптом в чужие файлы.

Я подозреваю, что эти решния и юзают 80% хостеров. Ни зачто не поверю, что все они лохи :-)