Посмотрите - может у вас есть некий "генератор паразитного контента".

Пример - календарь в новостях. Каждый день, неделя, месяц - это отдельная кэшируемая страница. Если есть рубрикатор - умножаем каждый день на число категорий в нем. В итоге поисковики находят календарь, начинают ходить по нему туда-обратно скачивая все ссылки. И в кэше оказывается 100500 дополнительных записей. Даже если большая часть страниц содержит 0 полезного контента.

Плюс если есть "версия для печати", незакрытая от поисковиков, то умножаем число записей в кэше на два.

Если не пользуетесь sys_log, то ему можно поставить ENGINE=BLACKHOLE. Тогда все будет проваливаться в пустоту. В typoscript можно прописать config.clearCacheAtMidnight=1, тогда таблица с страничным кешем будет чистится автоматически.

Еще стоит учитывать, что innodb не использует ранее занятое пространство, поэтому размер файлов на диске у вас все равно будет расти. Не знаю, актуально ли это для вас, но учитывать стоит.

Если не секрет...
Насколько у Вас большой проект - на вскидку примерно (к примеру по кол-ву страниц), что такой огромный объем БД получается?

Хм...

Поставил стандартный пакет Inducation TYPO3 4.5 CMS.
Прошёлся программкой - спайдером по всему сайту, суть которого - обычный обходчик сайта по всем ссылкам.

Спайдер нашел 108 ссылок.
Размер базы данных = 5 Мб.

1 страница = 0, 04...