Экст работает, НО название таблиц, с которой работает экст тоже меняется на название экста.
А идея была в том, чтобы 2 экста работали с одинаковыми таблицами.
Тогда немного другой вопрос.
В эксте, при выводе в FE указывается какую категорию выводить. List, с возмжностью выбора из существующих категорий.
Я сделал еще один вид категорий, т.е. еще один List, с другими категориями. Будет ли работать вывод информации если указать только новую категорию? И что будет если указаны категории в обоих списках List?

Ничего не понятно... Переформулируйте вопрос.

Значит так. Попробую объяснить все сначала.
В плагине ( cl_company_database) есть возможность создания категорий (одного вида - Category) и соответственно каждая компания в каталоге может принадлежать к одной из категорий. Выбор этой категории задается в настройках плагина после вставки в контент.
Надо сделать еще одно поле для категорий (Category2), и соответственно каждый клиент будет принадлежать к двум категориям. Например у клиента Category будет "Гос. учреждения", а Category2 будет "Заводы".
А в FE надо будет сделать 2 списка клиентов. В первом клиенты собраны по Category, во втором по Category2.
Из-за этого Category2 весь сыр бор и пошел.
Попробовал вручную добавить таблицу в файл .sql, и исправить TCA и прочие файлы. Вроде бы все верно сделал, но почему то при создании контента вместо 2-х списков для выбора категории видно только новый (Category2).

"Видно" - это про флексформу или про вывод в FE?

Неа, не вывод в FE, а скорее настройки плагина при вставке его в контент страницы в BE

Видимо, имеется в виду флексформа. Приведите её XML тогда... Что в ней не так?

Сегодня глянул на плагин.
Оказалось, что он не использует Флексформу.
Понял, что вставка из плагина в контент страницы в BE осуществляется файлами из директории pi1.