t3lib, typo3 по идее вообще выносятся за пределы DocumentRoot сервера. Переименовывать можно fileadmin, с соответствующем указанием в localconf, но особого смысла нет. Поставьте права корректно - этого достаточно.

Так а как по поводу установки Typo3, Gallery2 и форум в разные базы с разными пользователями? В этом варианте безопасность всеравно остается на уровне замого слабого звена?

Я бы и рад использовать соответствующие расширения, но галерею и форум таки придется оставить прежними.

Да, и в этом случае тоже, т.к. пароли к базам нужно где-то хранить. Исправить положение можно только через настройку прав ещё и для файловой системы...

Каким способом лутше организовать раздел "статьи" типа этого http://kites.ru/content/articles
НА главной странице должно выводится превью последних статей.
Просто обычным созданием страниц и контента. Или с помощью tt_news или WEC_knowledgebase.
А также желательно подобные ссылки(как по ссылке выше ) на страницы с еденичным просмотром статьи.

2) А путь на сайте делается через меню, или есть какой-то экст?

Расширение wec_knowledgebase основано на tt_news. Что это значит. ТОесть wec_knowledgebase реализовывает часть функций tt_news, тогда можна и новости и статьи строить на tt_news. Какие преимущества wec_knowledgebase. ПРосто визуально не пойму.