Спасибо, решено
 

Проблема решена. Надеюсь кому-то пригодится, как всегда, все было очень просто. Дело в том, что css_styled_content, который подключается к основному шаблону, есть 4-х версий - для Typo3 3.8, 3.9, 4.2, 4.3.
Соответственно используются разные setup.txt для каждой версии. В тех, что для версий 3.8-4.2 нет указаний рендеринга нового контент-элемента "media". У меня было добавлено как раз 4.3 и 4.2, поэтому одна настройка рендеринга исключала другую. Нужно добавлять ТОЛЬКО css_styled_content без номера версии (4.3 в моем случае, тоесть действующей версии Typo3. А другие удалить. Тогда все работает прекрасно.