В последний раз когда я смотрел commerce, там было сделано точно так же – есть таблица товара, но атрибуты товара хранятся не в столбцах этой таблицы (как должно быть канонически), а в виде строк в таблице значений атрибутов. Правда я смотрел commerce года 3 назад, еще в пререлизе, может уже все поменяли.

Схема из битрикса, на что вы дали ссылку, там та же система - есть основная таблица сущности (инфоблоки) и от нее идут связи к записям значений атрибутов инфоблоков.

Насколько я понимаю, вопрос был как раз в этих связях, а не в том почему у них таблица не называется продукты - она так не может называться, потому что в инфоблоках у них хранятся любые структурированная записи выводимые в виде списков, а не только товар.

В общем у меня эта схема вопросов не вызывает и это вполне в русле учебников. Но не сочтите это за агитацию за Битрикс ))