Насколько помню почти у всех расширений можно задавать пути к библиотекам типа jquery, вполне можно все эти значения в редакторе обнулить и добавить любую версию jquery с любого CDN чтобы все экстеншны использовали ее.
Плюс некоторые библиотеки поставляются вместе с TYPO3, в папке typo3/contrib/ лежат, включаются с помощью page.javascriptLibs.
И если какие-то конфликты библиотек есть, то можно jquery в неконфликтный режим перевести - это буквально строка inline js-кода в страницу и все.