ИМХО отличия принципиальны. Сайт университета - это по сути набор статической инфомарции, которая меняется и дополняется несколькими редакторами через BE, и все реализуется на стандартных TYPO3-страницах. Количество используемых сторонних расширений минимально.

Просто многие функциональные части горпортала - это простой PHP, который, как я понял, без труда вставляется в TYPO3, например - экспорт погоды и карты.

Другие же реализованы в модулях - каталог организаций, например.

Простой он до тех пор, пока вы не захотите на этой карте вывести список организаций с какой-нибудь расширенной функциональностью в виде AJAX-фильтров, разных данных и рекламных блоков при разном масштабе карты и т.п.

Тут то вы и поймете, что идея делать все как просто разные куски PHP кода изначально была ущербна.

Ну а за просто картой и просто прогнозом погоды увы к вам не будут ходить.

Изначально я не потяну создание подобной карты, а карта на горпортале быть просто обязана. Неужели потом нельзя добавить именно модуль карты, но уже улучшенной не затрагивая сайт?

Можно все. Но, как я писал выше, информация на порталах сильно связанная. И если все делать изначально без этого понимания и не закладывать возможности для дальнейшего развития, то придется потом делать гораздо больше работы (переделывать короче) и это будет сложней.

Давайте закроем тему :) Так как мне кажется что я общаюсь с человеком не имеющим опыта разработки. Поэтому в любом случае вам придется идти своим путем проб и ошибок, и нарабатывать свой опыт.

Это вопрос специализации. Бывают столяры и бывают плотники... на первый взгляд и те и те что-то с деревяшками делают.

dmartynenko уже ответил :-)
Действительно, на http://www.rsmu.ru/ больше 4000 страниц в дереве, еще там есть новости tt_news и вопросы-ответы, формы запросов.
С точки зрения навигации и организации дерева страниц и мини-сайтов факультетов, да и настройки тех-же новостей там были кое-какие хитрости... но в целом - это обычный корпоративный сайт, а совсем не портал.