JS в шаблоне
 

Столкнулся со следующей траблой: устанавливаю JS в шаблон (код счетчика к примеру), при просмотре шаблона все ок, а уже на сайте не отображает. Причем код-то есть в исходном коде, а все равно не отображает. Код насколько я понял, может и меняет. Кстати, раньше устанавливал на таких же сайтах, все без проблем было.

Посмотрите исходный код получившейся страницы на сайте. Скорее всего, пути к файлам заменяются.
Если так, то возможно надо поиграться с relPathPrefix