Заметаем следы ...
 

Если глянуть на код разрабатываемого мной сайта.. то там часто встречаются абсолютные пути к файлам, например подключаемый CSS
fileadmin/templates/...

и так с каждым изображением для контента и еще многмо другим...

Можно ли както поставить авто замену чтобы от fileadmin/templates/jscript/ или fileadmin/templates/images/

оставалось соответственно jscript/ и images/:confused:

Я в этом не силён, но может RewriteRule поможет? :-)

решение "в лоб": симлинки :rolleyes::D

fileadmin можно просто переименовать и внести новые пути в конфиг. Это стандартно. А где храните рисунки и скипты - полная свобода, хоть в корне сайта. Просто вручную в Темплетволе править пути.
Но еще много разных мест где встречается слово typo3, например typo3temp и много разных скриптов.
Кроме этого надо переопределять дефолтовые названия CSS-классов блоков, куда обрамляется контент, всякие там tx_ и тд.
Но если задатся целью, то думаю можно.