Как правильно организовать мультисайт
 

Есть сайт с такой структурой

Главная
-Раздел 1
-Раздел 2
-Раздел 3
-Раздел 4
-Страница 1
-Страница 2
-страница 3

Верхнее меню выводится из этого первого уровня, т.е Раздел 1...страница 3

Теперь задумал три первых раздела разнести на три разных домена.
А четвертый раздел и страницы хоть визуально останутся в верхнем меню в том же порядке(тоесть одно меню на все сайты), но относятся к Разделу 1(Domen1), тоесть нынешний Раздел 1 и Страницы - это разделы Domen1.
Нынешняя главная страница во фронтэнде никак не участвует.

Первый вариант.
Структуру дерева оставить прежней, просто припарковать домены к разделам.

Второй вариант.
Изменить структуру и вынести сайты в корень Typo3

Раздел 1(Domen1)
-Раздел 4
-Страница 1
-Страница 2
-страница 3
Раздел 2(Domen2)
Раздел 3(Domen3)

Верхнее меню можно и вручную слепить.

Какой вариант лучше выбрать, какие плюсы/минусы в будущем могут быть при проэктировании и расширении сайта, использование расширений.
Или же это лишь вопрос личного удобства работы в админке?

Вообще, каждый поступает по ситуации, как удобней. Я многосайтовые конструкции делаю по второй описаной Вами схеме. Это оптимальней с точки зрения управления сайтом, т.е. наделения полномочий редакторам сайтов.

Так же поступил, вынес в корень дерева отдельные сайты.
Появился вопросик. Не пойму как настроить RealUrl. Вроде все правильно сделал, но когда ставлю ссылку на сайте domen1 на страницу сайта domen2, то она получается вида domen2/index.php?id=6. Тоесть полный Url не генерируется.

Ну, для этого просто нужно правильно настроить конфиг RealUrl, тут уже писали на эту тему, повторюсь:
$RootPID = array(
'www.domen1.com' => '17',
'domen1.com' => '17',
'www.domen2.com' => '41',
'domen2.com' => '41',
...
);
т.е. привязываются доменй к узлу, и ниже:
, 'pagePath' => array(
'type' => 'user'
, 'userFunc' => 'EXT:realurl/class.tx_realurl_advanced.php:&tx_realurl_advanced->main'
, 'spaceCharacter' => '-'
, 'languageGetVar' => 'L'
, 'rootpage_id' => $RootPID[$_SERVER['HTTP_HOST']]
, 'disablePathCache' => 0
, 'expireDays' => 7
, 'segTitleFieldList' => 'tx_realurl_pathsegment,alias,nav_title,title'
, 'excludePageIds' => null
)

А куда вписывать
$RootPID = array(
'www.domen1.com' => '17',
'domen1.com' => '17',
'www.domen2.com' => '41',
'domen2.com' => '41',
...
);

Что то никак не работает.

Это не забыли?
, 'rootpage_id' => $RootPID[$_SERVER['HTTP_HOST']]

нет. не забыл

если rootpage_id больше ни где не определяется, посмотрите привязки доменов к узлам в админке, и baseurl в TS сайтов.

realurl_conf.php.
localconf.php

В TS каждого сайта прописан свой baseURL.
В админке домены созданы.

Да, вроде всё верно. И что имеем на выходе?