аналогично. В какой-то момент перестал разрабатывать на локальном компьютере - делаю на тестовом сервере а потом переношу к заказчику - это к вопросу об одинаковой работе на вин/лин. К тому же чтобы симлинки-хардлинки друг в друга сами переходили при распаковке-упаковке - это как-то сложновато имхо.
Для улучшения переносимости еще использую локальную установку GM - чтобы не настраивать у разных хостеров по-разному. А вообще просто стараюсь затаскивать клиентов к своему хостеру
Тогда переносимость идеальная