что-то я запутался... в чем тогда разница между тем, что уже установлено и windows-версией, если исходники будут одни...
отсюда:
http://typo3.org/download/packages/ взял TYPO3 Source: Stable version: 4.1.1. просто заменить файлы на сервере файлами из архива?