Методом научного пиксель-хантинга нашёл решение проблемы:
Отключил галочку автоконфигурации, засунул весь код из realurl_conf.php в realurl_autoconf.php, заменил в настройках экста typo3conf/realurl_conf.php на typo3conf/realurl_autoconf.php
Всё работает. Ну не маразм ли?
Еще немного поэксперементировал, похоже ошибка только тогда, когда путь к своей конфигурации такой - typo3conf/realurl_conf.php
Надо менять название realurl_conf.php на что-нибудь другое. Я заменил в итоге на realurl_nconf.php - всё работает.
Автоконф оказывается ни при чём, зря я на него рычал
