Проблема чисто локальная! Когда браузер читает кодировку страницы, то устанавливает ее верно, а когда работает alert выдается системное сообщение, которое не знает русской кодировки. Может при использовании Koi-8r (вместо win1251) он конвертнет правильно, но шибко сомневаюсь.
Насколько знаю лечится это только двумя способами:
1) Установка региональных настроек в винде РУССКИХ. Тогда сама винда переключит свои шрифты на русскоязычые (почему-то при этом другие языки отображаются обычно корректно).
2) заменить все шрифты в системе на чисто русские.
В обоих случаях может пострадать немецкий язык.
Это вечная проблема и по другому ее никто пока не решал, а если и решал, то ни кому не говорит

. Проги используют языковые настройки системы, а кирилица там всегда где-то глубоко запряталась. Некоторые проги еще более упрямые, что им даже такие меры не помогаю и они отказываются руссифицироваться. Также редкая прога умеет правильно отображать шрифты не зависимо от настроек системы.
Во, еще можно попробовать Юникод.
А еще можно заменить алерт на сообщение в dhtml, по типу контекстного меню в типе. Или новое дочернее окошко браузера с отключенной командной строкой, там же можно сделать чтобы родительское окно не становилось активным пока не закрыто дочернее. В последних вариантах можно и сообщение вывести более продвинутое.