Есть опыт подготовки к такому переходу
, но сам переход пока откладывается.
Главный совет - сделайте тестовую машину (хоть под виндой) и перейдите там. Если все пройдет нормально переходите на вашем основном сервере.
1. Кодировка всех таблиц меняется на UTF-8 - этот процесс лучше сделать вручную. Если у вас база еще не UTF-8, то нужно потренироваться - не так это просто и гладко проходит.
2. Меняется тип полей где содержаться TS Setup - если там есть русские символы (например коментарии), то содержимое полей обрежется до первого такого символа. Соответственно шаблоны сайта умрут. Вариант: не менять тип этих полей в Install Tool (снять галки возле соответсвующих Alter)
3. Если есть что-то выводящееся в кодировке не UTF-8 - например текстовые константы забитые в php код и html шаблоны на Windows-1251, то они будут выводится в FE вопросиками. Такие файлы надо пересохранять как UTF-8 (например в EmEditor)