если речь идет о нескольких сайтах в единой базе (в одной инсталяции), то Вы делали что-то не то.
поставьте пакет testsite - в нем есть пример нескольких сайтов в одном дереве (скачать его можно отсюда
http://typo3.org/download/packages/ или в составе виндового инсталятора
http://typo3winstaller.sourceforge.net/ )
Если Вам нужно сделать несколько сайтов в разных базах (но использующих один и тотже код ярда), то для этого достаточно правильно проставить симлинки и права (и надо чтобы на хостинге эти вещи поддерживались). Инструкция есть в дистрибутиве ядра.