[Manas]

Возможно MySQL собран без поддержки InnoDB, еще на всякий случай посмотрите тот ли my.cnf "целяется", должно быть что-то типа

#ps -ax | grep mysql
.../bin/sh /usr/local/bin/mysqld_safe --defaults-extra-file=/var/db/mysql/my.cnf...