Что бы вообще модификаций при выводе не было - надо использовать тип элемента "HTML код".
Вывод всех элементов задается через системное расширение css_styled_content. Соответственно в нем можно посмотреть что, как и почему выводится.
По умолчанию при выводе все тексты (RTE и нет) парсятся через lib.parseFunc_RTE, тут и добавляются <p> в текст, где есть переносы строк.
RTE самый сложный случай - он парсится перед сохранением в базу, и при загрузке из нее. Есть отдельные мануалы как настраивать этот парсинг, там много всяких опций.