У меня возникла абсолютно такая же проблема (причем на свежей версии тоже 3.0.1), когда заглянула в список Cached links CoolURI : на каждую генерируемую страницу - по 6 линков строго... в итоге хламится база, нагружается сервер и т.п. да плюс к этому - заморочки для SEO сайта (лишние URL-ы, причем старницы с пустым содержимым).
Избавилась от этого глюка методом тыка: в файле CoolUriConf.xml убрала это
<uriparts>
<part>
<parameter>tx_ttnews[pointer]</parameter>
</part>
</uriparts>
Правда теперь там, где есть постраничная навигация в URLe остается некрасивое tx_ttnews[pointer], но это уже мелочи...