Попробовал и включить и выключить этот параметр в InstallTool - влияет исключительно на отображение админки. Для фронтенда в обоих случаях выводит одно и то же:
Код:
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="typo3temp/stylesheet_670d0f71b2.css?1291940230" media="all" />
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="fileadmin/tmpl/screen.css?1292374803" media="screen" />
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="fileadmin/tmpl/print.css?1163606366" media="print" />
<script src="typo3temp/javascript_93077bb238.js?1291906354" type="text/javascript"></script>
Похоже действительно придется лезть в ядро и отключать там.