Не только эта строка, поскольку довольно популярный экстеншн sourceopt убирает строку с meta generator.
Насколько я понимаю логику работы скрипта на github он не ограничивается поиском meta, но проверяет заодно и другие параметры вплоть до наличия файлов.
Можно, например, проверить на
http://www.typo3-fingerprint.com/ сайт
www.jawaclub.ru, который 100% на TYPO3 сделан, но при этом meta generator у него не указан.
PS
Возможно что неплохим критерием может быть наличие комментария со строкой "This website is powered by TYPO3 - inspiring people to share!", но это в случае если его не вычистили при помощи tidy или ему подобных.