Эта добавка на загрузке CSS файлов не должна сказываться. Это же обычный GET параметр, по HTTP стандарту после ? может быть куча всего.
Но отключить можно, читайте здесь:
http://forum.typo3.biz/showthread.php?t=9080
Вот возможно у вас baseurl не прописан, поэтому и стили по относительным путям не грузятся.