Во первых, почему
когда последний релиз это
4.6.3 (2011-12-20)
Заменить PHP через панель - обычно можно - за подробностями - к своему хостеру.
Думаю, что PHP 5.5.3. для Typo3 4.6.3 вполне подойдет, но не проверял...
Алгоритм обновления такой: ставим/включаем новую версию PHP, обновляем файлы Typo3 (см инструкцию по обновлению), после этого через инсталл тулл обновляем базу.