У меня настройки для нескольких доменов выглядят так:
PHP код:
# Для многодоменной конфигурации.
# Проверка страницы на связь с корневой страницей.
page.config.typolinkCheckRootline = 1
# Создание ссылок между доменами, используя схему ссылок текущего домена.
config.typolinkEnableLinksAcrossDomains = 1
# Префикс в виде тега base для локальных ссылок
config.prefixLocalAnchors = all
# Возможность показать "содержимое страницы" из другого домена
config.content_from_pid_allowOutsideDomain= 1
# Выдача заголовков управления кешем для клиента
config.config.sendCacheHeaders = 1
# Связь результатов поиска с доменом, где они были найдены.
plugin.tx_indexedsearch.search.detect_sys_domain_records = 1
Соответственно эти настройки прописываем в TS шаблон для каждого отдельного поддомена. У меня все это работало, начиная с версии 4.2 или 4.1 и вплоть до 4.7, (даже на 6.0 попробовал). Не забываем про настройку тега base в каждом из поддоменов.
Ну а RealURL сейчас по-умолчанию вроде подхватывает настройки доменов, если имеются для них записи. Так что, думаю, дело не в нем.