Решения именно вашей проблемы не подскажу, но в принципе MySQL умеет искать внутри XML сам:
http://adw0rd.com/2009/4/13/xpath-mysql/
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/...functions.html
Значит вполне реально составить SQL запрос на поиск внутри поля XML/FCE.