Наблюдал подобное во fluid template: при установке расширений, даже lorem ipsum, появлялось "серое поле". Удаление их восстанавливало разметку. В typo3 6.1.7 с templavoila, тьфу-тьфу-тьфу, такого не наблюдал.
Если что-то не так, я обычно "по науке" переустанавливаю систему:
http://typo3buddy.com/
Конечно, примеры там учебные и в BE выводится лишь одно поле. Но ничто не мешает вывести их хоть все.