[*****]

самый распространенный ответ: читайте документацию.
а вообще, все очень просто.
прописываете в поле setup необходимые параметры, например так:

...

temp.menu_2 = HMENU
temp.menu_2.1 = TMENU
temp.menu_2.1 {
wrap = <ul id="botnav">|</ul>
NO.allWrap = <li>|</li>
ACT = 1
ACT.allWrap = <li>|</li>
}

temp.menu_2.2 = TMENU
temp.menu_2.2 {
wrap = <ul id="produktnav">|</ul>
NO.allWrap = <li class="nact">|</li>
ACT = 1
ACT.allWrap = <li class="act">|</li>
}

temp.mainTemplate = TEMPLATE
temp.mainTemplate.marks.title = TEXT
temp.mainTemplate.marks.title.field = title
temp.mainTemplate {
template =< plugin.tx_automaketemplate_pi1
workOnSubpart = DOCUMENT_BODY
subparts.menu_1 < temp.menu_1
subparts.menu_2 < temp.menu_2
subparts.content < styles.content.get
subparts.right < styles.content.getRight

}

...

в своем html шаблоне вставляете маркеры <!-- menu_2 begin -->...<!-- menu_2 end --> и тд, и типа сама сгенерит вам менюшки с сылками на страницы.
это все не сложно, главное - разобраться аккуратно и понять смысл.