sysfolder - один из типов страницы, недоступна во фронтенде, обычно используется для хранения новостей, шаблонов и т.п. Новости можно хранить и на обычной странице - но так элегантнее.
Все на одной базе - особых минусов нет. Пусть только хостинг выдержит.
PS читать - все подряд
Чем дольше работаю с TYPO тем больше пользы от Inside TYPO3
http://typo3.org/documentation/docum.../current/view/
Но чтобы делать простые сайты ее читать необзательно.