как именно настроили?
домены
www.mysite.com и mysite.com специально не являются алиасами на уровне сервера?
просто при стандартной настройке таких вопросов как-то не возникает
пишете DirectoryIndex index2.html и хоть 50 доменов работают с этой папкой - у всех одна индексная страница