По идее:
1. Поставить в крон выполнять в определенное время.
2. Создать в системной директории запись Indexed Search Configuration, где указать все дерово и т.п. (в документации по поиску это было) + некоторые другие настройки.
Вроде все
Вообще если есть возможность можно посмотреть видео по этой теме на сайте типо3.орг