Второй вызов, с index.php, правильный.
Вот из index.php код вызова eID:
PHP код:
if ($temp_extId = t3lib_div::_GP('eID')) {
if ($classPath = t3lib_div::getFileAbsFileName($TYPO3_CONF_VARS['FE']['eID_include'][$temp_extId])) {
require_once(PATH_tslib.'class.tslib_eidtools.php');
require($classPath);
}
exit;
}
Судя по нему ничего мешать не должно (кроме например фатальных PHP ошибок). Поставьте в него отладочный вызов/print_r().