Хм... а кто Вам шелл то дал
Инструмент не совсем безопасный для тех кто совсем не в теме...
Корень сайта это папка куда Вы залили и розкрутили dummy. Оттуда надо и команды выполнять.
Подсказка: в корне сайта команда
ls -l
должна выдать что-то типа:
-rw-r--r-- 1 user user 4937 Sep 24 13:06 INSTALL.txt
-rw-r--r-- 1 user user 46 Sep 24 13:06 clear.gif
drwxrwxrwx 4 user user 4096 Sep 24 13:06 fileadmin
lrwxrwxrwx 1 user user 18 Oct 14 19:22 index.php -> typo3_src/index.php
lrwxrwxrwx 1 user user 15 Oct 14 19:22 t3lib -> typo3_src/t3lib
lrwxrwxrwx 1 user user 15 Oct 14 19:22 typo3 -> typo3_src/typo3
lrwxrwxrwx 1 user user 18 Oct 14 19:22
typo3_src -> /home/irbis/data/www/
typo3_src-4.0.4
drwxrwxrwx 3 user user 4096 Sep 24 13:06 typo3conf
drwxrwxrwx 2 user user 4096 Sep 24 13:06 typo3temp
drwxrwxrwx 6 user user 4096 Sep 24 13:06 uploads
Только не ошибитесь какой домен/сайт будете править
Из Вашего поста кажется что /home/irbis/data/www/