Есть продвинутый "print" - Pinba. Но с ним точки подсчета расставлять все равно придется.
Можно профайлить через XDebug (
http://yandex.by/yandsearch?text=php%20profiling). Но так вы получите на одно обращение к сайту огромный отчет, в котором будет время выполнения + число вызовов в разрезе отдельных функций.
PS: ИМХО в веб самые медленные куски кода - запросы к БД (кэшам, внешним источникам данных и т.п.). Вряд ли вы какую-то сложную математику обсчитываете.