Нет, бережно скопировал все файлы, и удалил только то что было посоветованно. Всего в корневой папке 11 папок:
- fileadmin
- magazine
- mindthebridge
- niewssbrief
- t3lib
- typo3
- typo3_src
- typo3_src-4.4.12
- typo3conf
- typo3temp
- uploads
Кроме описанных изменений, я точно ничего не менял.