Может так проще:
http://xn--80abcjdogk0b.xn--80afg4bg...hi-sypex-dump/
Как уже писал, БД использует InnoDB, что подразумевает постоянное разрастание размера файла БД... Решить это можно лишь периодическим созданием резервной копии и воссозданием БД из нее...
Может я где-то и ошибаюсь, но других решений не нашел, а вот инструментик для БД хороший...