1) Эти чистые установки были развернуты на виртуальном сервере просто в папках или на каких-то доменах?
"Чистые" установки были развернуты на виртуальном сервере просто в папках t3, t31 и typo3_src.
2) Как потом вы тестировали их?
Набирал в поисковой строке браузера
http://localhost/t3/typo3/ и
http://localhost/t31/typo3/
В первом случае высвечивался Login to the TYPO3 CMS Backend on t3 и я входил в систему, во втором ( с потерей css) - опять же Login to the TYPO3 CMS Backend on t3 и в систему я не смог войти:
Your login attempt did not succeed
Make sure to spell your username and password correctly, including upper/lowercase characters.
3) Браузер какой использовали?
Chromium Версия 33.0.1750.152 Built on Debian 7.0, running on Debian 7.4 (256984)
4) Система какая?
Debian 7.4
Встречный вопрос: вы сами успешно копировали сайты на typo3 6.2?
Если да, прошу поделиться опытом. Если нет, "болтать времени нет".