1) misc положи в корень сайта - пригодится. Скрипты там всякие, типа TMENU_LAYERS
2) CVS можешь смело удалять все в любой версии. Не пригодится
3) BE = BackEnd = интерфейс администратора.
4) verify - проверять. Сделать такое можно в BackEnd -> Install -> DataBase Analyser -> Update required tables вроде бы.