Хочу сделать небольшую заметку, т.к. убил кучу времени, чтобы понять... Возможно кому-нибудь пригодится.
Если кто-то будет использовать TYPO3 Flow 2, нужно учитывать, что кодировка БД должна быть utf8_unicode_ci, иначе doctrine:update бдет давать ошибку mysql errno 150. У меня было utf8_general_ci, и лезла ошибка.
http://forge.typo3.org/issues/44115
P.S. вопрос администрации: может быть имеет смысл открыть на форуме ветку посвященную Neos и Flow?