[elezeo]

В классе "t3lib\class.t3lib_tcemain.php" есть такая функция

	/**
	 * Update Reference Index (sys_refindex) for a record
	 * Should be called any almost any update to a record which could affect references inside the record.
	 *
	 * @param	string		Table name
	 * @param	integer		Record UID
	 * @return	void
	 */
	function updateRefIndex($table, $id) {
		$refIndexObj = t3lib_div::makeInstance('t3lib_refindex');
		/* @var $refIndexObj t3lib_refindex */
		$result = $refIndexObj->updateRefIndexTable($table, $id);
	}

Попробуйте вызвать ее для своей записи.
Я не уверен, но кажется она как раз и создаст вам нужные записи в таблице sys_refindex. Вы можете покапаться в этом классе. Возможно найдете что-то еще.

А вот для FE действительно маловероятно использование иных таблиц, если только контент не связан с какими либо еще таблицами.