Имхо, смотря какой сайт. Если там абсолютно разные меню, разделы для языков, то для каждого имеет смысл создавать отдельное дерево, а так все делается в одном...
Ранее все делал вручную, благо для простой мультиязычности много настраивать не нужно. Это когда-то появляются какие-то нюансы, то нужно смотреть подробнее.
Из экстеншенов для последнего проекта вот посмотрел sr_language_menu, теперь буду юзать везде
