Круто помогло
У меня создало абсолютные символические ссылки типа www/.../typo3 и система ругается на них, типа должно быть typo3_src/typo3. Я не догадался, что можно создать символичную ссылку на пакет а потом н абазе нее делать ссылки для системы. Теперь все корректно
