Связывать бухгалтерию с интернет магазином я бы не стал. Причина простая - невозможно взломать и украсть то, что в принципе не связано с интернетом. Вообщем лучше делать выгрузку операций и проводить синхронизацию с базой данных. К тому же там какие-то сложности с 1с, насколько я знаю, в плане совместой работы с базой данных.
Что касается заполнения магазина - это уже смотря откуда сами исходные данные берутся, в каком виде они подготовлены. Так, в мультишоп, например, можно делать импорт/экспорт, для этого нужно сопоставить поля из источника (текстовый файл, csv...) и поля в таблице для товаров. Дело это муторное по-началу, но без этого, думаю нигде не обходится, но по отлаженному механизму работать можно. Другое дело, что продавцам вечно нужно что-то добавить/убрать/переделать...
Еще одна сложность, как я уже говорил, работа с изображениями - нужно предварительно придумать схему их расположения и именования на сервере, загрузить при занесении в поля таблицы указывать правильные пути к изображениям.
Если товаров немного, то и заполнять можно ручками...
Видел и импорт в эксель, но, к сожалению, тут другая сложность - не работает с utf8... Вообщем то, чем я сталкивался пилить и пилить. Выгружать можно и в обычный текстовый формат или csv... Это сродни, кстати, модулю выгрузки товаров для яндекса - вообщем-то меняется лишь антураж представляемых данных.
Что касается набора полей в базе данных, то действительно, для каждой задачи они сильно разнятся. Поэтому здесь все индивидуально.
То же касается и каталогов - задачи схожи.
Ну а что касается разработки магазина, то вот полезная книжица: PHP 5
E-commerce Development