Пробовал уже. Не помогает.
У меня и категории и новости все в SysFolder лежат, т.е. по идее, эта галка должна стоять. Но что она стоит, что нет -- результат одинаковый.
Кстати, если создаю категории ПОД видимой категорией, то их видно. А вот если просто создаю новую, не указывая в качестве родительской видимую категорию, то их нет при создании новостей (хотя, на страницах внутренних, когда вставляю элемент контента -- видно все категории).