Мне в свое время Валерий указал на очень полезный экст:
http://typo3.org/extensions/reposito..._devlog/1.1.0/
Установите, может помочь в выявлении багов.
Ну и плюс неплохо было бы проверить БД на предмет нужных данных (В install tool->update db[или как-то так, точно не помню]->COMPARE | IMPORT