Точно не уверен, но где-то читал, что на сегодняшний день невозможно переименовать директорию typo3 без больших изменений в исходниках.
Есть другие, более простые, но не менее эффективные средства, например блокировать доступ для всех адресов, кроме собственного и.т.д:
http://typo3.org/documentation/document-library/doc_core_inside/Additional_security/
и следующие
|