В версии 1.6.6 всё работало нормально. Обновил TinyRTE до версии 1.7.2 появилась вами описанная проблема — ссылки стали иметь вид: file://mywebsite.ru/fileadmin/...../somefile.zip
Причём редактор показывает ошибки js, на подобие «tinymce is not defined». Проверял в разных браузерах. Даунгрейд помог
