Посмотрите глава 5 "Настройка слоя хранения" и там 3. Отдельные запросы к БД.
Ну а еще - на примере какого-нить расширения на extbase, тот же news или тестовое расширение, о котором идет речь в книге...
Внутри репозитория будет что-то вроде:
PHP код:
public function findInRegion(Tx_SjrOffers_Domain_Model_Region $region) {
$query = $this->createQuery();
$query->matching($query->contains('regions', $region));
return $query->execute();
}