На пальцах очень тяжело объяснить...
Хотя бы потому, что не видно полной картины того, что у Вас на сайте сделано...
Рекомендую документацию по разработке шаблонов:
http://www.typo3.ru/fileadmin/docume...v__CHast_1.pdf
--
Здесь Важно понять логику создания
Создается и через config настраивается страница (PAGE-объект)
Создаются меню (MENU-объект)
Cоздаются другие объекты
Создается объект шаблона TEMPLATE, который вставляется на страницу, и в который вставляются меню и другие объекты.
Шаблоны лучше хранить в специальной папке для этого fileadmin - а не в uploads!