Вот это и есть ваша ошибка.
Обновлять typo3 надо последовательно, согласно выпущенных обновлений!!! а не перескакивать через одну!!!! Даже при обновлении Joomla сразу с 1.5.14 нельзя обновиться на 1.5.20. Т.е. обновляют до 1.5.15 далее 1.5.16 и т.д. Тот же принцип действует и для typo3. Обновляйте свой сайт последовательно, согласно выпускам
http://typo3.org/download/packages/ и тогда у вас не будет недоразумений